Príbeh Red Alert 3 začína zúfalým pokusom vedúcich predstaviteľov upadajúceho Sovietskeho zväzu a zmeniť tak dejiny a obnoviť slávu Matky Rusi. Cesta proti prúdu času však skončí fiaskom, čo vyústi vo vznik alternatívnej časovej línie. V nej sa vývoj technológií uberá celkom iným smerom, svetu dominuje nová superveľmoc a zúri III. svetová vojna. Na východe povstalo nové Impérium vychádzajúceho slnka a tento konflikt sa zmenil v trojstranný zápas medzi Sovietmi, Spojencami a Impériom. Ich armády využívajú v poli nové a neobvyklé zbrane a technológie, ako Teslove špirály, mohutne vyzbrojené vojnové balóny, teleport, obrnené medvede, inteligentné delfíny, plávajúce ostrovné pevnosti a transformovacie tanky.
Red Alert 3 kladie otázku „Čo by bolo keby?“ Čo keby sa podarilo realizovať každý bizarný výskumný projekt, alebo technologický pokus navrhnutý v posledných 70 rokoch? Čo keby sa ukázalo, že napríklad filadelfský experiment, teória cestovania v čase, teleportácia, neviditeľnosť, niektoré menej známe Teslove technológie a ďalšie stovky pozoruhodných výskumných projektov sú uskutočniteľné a stali sa bežnou súčasťou života? Čo keby i naďalej existoval Sovietsky zväz a navyše začal prosperovať? Ako by vyzerala budúcnosť v nasledujúcich 10 rokoch? Ako by vyzeral svet, keby nepadlo japonské cisárstvo a namiesto toho by sa stalo technologicky najrozvinutejšou superveľmocou? Scenáre následného vývoja môžu byť rôzne, každopádne predstavujú fantastickú a pestrú víziu alternatívnej budúcnosti s istými prvkami pravdepodobnosti.